Waduk Pidekso merupakan salah satu proyek pemerintah pusat yang menjadi
prioritas strategis yang dilaksanakan oleh Balai Besar Wilayah Sungai (BBWS)
Bengawan Solo, selain pembangunan Waduk Gondang Kabupaten Karangnyar, Waduk
Bendo Kabupaten Ponorogo, Waduk Tukul Kabupaten Pacitan dan Waduk Gongseng
Kabupaten Bojonegoro.
Inisiasi pembanguan proyek waduk Pidekso telah ada sejak era Presiden
Soeharto pada tahun 1980-an. Dimungkinkan proyek ini merupakan rencana kelanjutan
dari pembangunan beberapa waduk yang ada di kabupaten Wonogiri, seperti Waduk Gajah
Mungkur, Waduk Songputri dan lainnya.